Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

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Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par Résilient le Jeu 6 Mar 2014 - 22:38

Pour le forum : http://www.le-projet-olduvai.com/f3-zone-d-alerte, merci !

Bonsoir à tous, 
visiblement, la fonte de la permafrost nous réserve encore quelques belles surprises : après le Mimivirus outremanchien et le Pandoravirus (Brrrr.. pale ), voici, tout frais de Sibérie, le Pithovirus : http://www.lemonde.fr/sciences/article/2014/03/04/un-nouveau-virus-geant-age-de-plus-de-30-000-ans-decouvert-en-siberie_4377011_1650684.html

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par tarsonis le Ven 7 Mar 2014 - 8:04

Salut !
Pour la zone d'alerte spécifiquement ?
Baptisé Pithovirus, ce virus très ancien, capable d'infecter des amibes mais inoffensif pour l'homme et les animaux, porte désormais à trois le nombre de familles connues de virus géants.
Concernant le sujet de manière plus général, type "Réémergence de pathogènes disparus", pourquoi pas, mais il faudrait renommer le topic clind'oeil

Concernant l'article, je ne sais pas si la fin du propos émane clairement de M. Claverie ou du journaliste qui tente de prouver son érudition, mais c'est un peu tiré par les cheveux de dire que le virus de la variole a été "éradiqué"; soit il va falloir décongeler un sapiens (unique hôte), soit le CDC et Vektor pourront esquisser un sourire, puisqu'ils possèdent des stocks officiels.

La possibilité d'une réémergence de virus considérés comme éradiqués à partir de ce grand frigo qu'est le permafrost ne relève donc plus d'un scénario de science-fiction, estime M. Claverie. Celui de la variole par exemple, qui a sévi jadis en Sibérie, se multiplie de façon similaire aux Pithovirus,

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Message par Barnabé le Ven 7 Mar 2014 - 8:43

tarsonis a écrit:
Concernant l'article, je ne sais pas si la fin du propos émane clairement de M. Claverie ou du journaliste qui tente de prouver son érudition, mais c'est un peu tiré par les cheveux de dire que le virus de la variole a été "éradiqué"; soit il va falloir décongeler un sapiens (unique hôte), soit le CDC et Vektor pourront esquisser un sourire, puisqu'ils possèdent des stocks officiels.

La possibilité d'une réémergence de virus considérés comme éradiqués à partir de ce grand frigo qu'est le permafrost ne relève donc plus d'un scénario de science-fiction, estime M. Claverie. Celui de la variole par exemple, qui a sévi jadis en Sibérie, se multiplie de façon similaire aux Pithovirus

Ca arrive effectivement de "décongeler un hôte"... mais le virus de la variole n'est pas assez résistant, il est détruit rapidement après la mort de son hôte :

Le virus de la variole détecté dans un corps gelé en Sibérie
Des séquences d'ADN du virus ont été identifiées dans le corps momifié d'une femme préservé dans le permafrost depuis près de 300 ans.
(...)
Pas de scénario catastrophe
«Les données montrent que des corps momifiés conservés dans le permafrost sibérien sont un réservoir de fragments d'ADN d'anciens pathogènes», concluent les chercheurs. Cette possibilité est régulièrement évoquée dans les scénarios catastrophes du réchauffement climatique: la fonte du permafrost pourrait entraîner la mise au jour du corps d'une personne morte de la variole avec le risque de voir réapparaître le virus. «Ce n'est pas possible, affirme Éric Crubézy, du CNRS (Toulouse) qui participé à l'étude. Le virus meurt lui aussi, peu après sa victime. Nous en apportons d'ailleurs la preuve: la momie que nous avons étudiée était très bien conservée et, pourtant, nous n'avons trouvé que des petits fragments du virus. Heureusement, sinon je ne serais plus là pour vous en parler».

http://sante.lefigaro.fr/actualite/2012/11/22/19475-virus-variole-detecte-dans-corps-gele-siberie

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par Résilient le Ven 7 Mar 2014 - 9:00

Effectivement, le virus meurt quelques temps après la mort de son hôte. 
Mais ici, on parle bien, à priori, d'un virus réactivé puis transmis à une amibe. Le virus n'était donc pas mort, mais congelé. A son réveil, il était toujours actif (c'est peut-être sa structure génétique relativement simple, moins de 500 gènes, qui lui confère une plus grande résistance). 
Ce qui frappe avant tout, c'est que la découverte a eu lieu en juillet et que le grand public n' est informé que depuis quelques jours. 
De plus, s'agissant d'un virus apparemment inconnu jusqu'alors, on peut s'étonner de la rapidité des scientifiques à le déclarer "inoffensif" pour l'homme. Qu'en sera-t-il lorsqu'il sera entré dans la chaîne alimentaire d'un écosystème, ou quand il aura muté (s'il en a la capacité) pour s'adapter à de nouvelles conditions de vie ? 

Déclarer un virus inoffensif pour l'homme après quelques mois d'étude en milieu stérile et après des tests en labo me paraît bien prétentieux. Sans être un fan de Spielberg, je suis assez d'accord avec la phrase qu'il avait mise dans la bouche d'un de ses acteurs : "la vie trouve toujours son chemin".

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par tarsonis le Ven 7 Mar 2014 - 9:06

Barnabé a écrit:
Ca arrive effectivement de "décongeler un hôte"... mais le virus de la variole n'est pas assez résistant, il est détruit rapidement après la mort de son hôte :
Oui, c'était un clin d'oeil; amha, il y a plus à craindre des stocks officiels et officieux, que d'un cadavre qui décongèlerait tout seul au soleil au milieu de la Sibérie. Cependant, je trouve l'affirmation bien catégorique.
L'intégrité du virus n'a effectivement pas pu être préservée, mais les corps analysés étaient avant tout momifiés ! Il ne s'agit pas d'humains morts subitement dans la glace....

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par Barnabé le Ven 7 Mar 2014 - 9:35

Je crois savoir que les virus ne sont pas tous identiques et que certains sont plus fragiles que d'autres. Si un chercheur qui a participé à l'étude me dit que le virus de la variole est fragile et qu'il se détruit rapidement, j'ai tendance à le croire.

Maintenant, je reconnais que le risque d'avoir des pathogènes qui refont surface avec le dégel du permafrost est bien réel.

C'est un risque parmi tant d'autres.
- Les épidémies viennent pour l'instant plutôt de pathogènes existants qui mutent et/ou qui se répandent dans des zones de la planète où la population ne les connaît pas donc n'est pas immunisée.
- Le risque d'un pathogène très dangereux qui échapperait d'un labo existe aussi.
- Le dégel de pathogènes s'ajoute donc à la liste !

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par tarsonis le Ven 7 Mar 2014 - 12:25

Salut !

Si un chercheur qui a participé à l'étude me dit que le virus de la variole est fragile et qu'il se détruit rapidement, j'ai tendance à le croire.
Oui, mais concernant un propos catégorique sur une étude avec échantillon biaisé, il y a de quoi être dubitatif.
Il est rare de pouvoir avancer des affirmations en science.
D'ailleurs, JM Claverie a même ajouté concernant la publication de mars :
"This is the first time we've seen a virus that's still infectious after this length of time," said Prof. Jean-Michel Claverie of the National Centre of Scientific Research
[...]
The work shows that viruses can survive being frozen for extremely long periods, the French scientists said.

c'est peut-être sa structure génétique relativement simple, moins de 500 gènes, qui lui confère une plus grande résistance).
C'est assez compliqué, entre les virus à ADN/ARN simple/double brin, à péplos, à capside, nus, etc... il y a de grandes variations quant aux résistances aux conditions environnementales.


Ce qui frappe avant tout, c'est que la découverte a eu lieu en juillet et que le grand public n' est informé que depuis quelques jours.
Avant de réaliser une publication, il faut procéder à de nombreux tests. La presse scientifique s'éloigne tout de même de la presse à scandale/buzz. clind'oeil
Cette étude n'est pourtant pas vraiment inédite dans le sens où l'équipe publie des résultat à ce sujet depuis plusieurs années.


De plus, s'agissant d'un virus apparemment inconnu jusqu'alors, on peut s'étonner de la rapidité des scientifiques à le déclarer "inoffensif" pour l'homme.
Qu'en sera-t-il lorsqu'il sera entré dans la chaîne alimentaire d'un écosystème, ou quand il aura muté (s'il en a la capacité) pour s'adapter à de nouvelles conditions de vie ?
Il y a des biais, mais en étudiant sa structure et son mode de réplication, on peut avoir une petite idée de son pouvoir pathogène, de la barrière des espèces, et de son taux de mutation/base.
De ce côté, je m'inquièterais plutôt des virus déjà circulants dans les populations humaines. clind'oeil


Déclarer un virus inoffensif pour l'homme après quelques mois d'étude en milieu stérile et après des tests en labo me paraît bien prétentieux.
Je ne pense pas que l'équipe prenne les choses à la légère, puisqu'ils mettent en garde sur le risque de faire ressurgir d'anciens pathogènes lors de l'installation d'infrastructures dans ce type de zones, très convoitées.

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par Résilient le Ven 7 Mar 2014 - 18:24

tarsonis a écrit:

Déclarer un virus inoffensif pour l'homme après quelques mois d'étude en milieu stérile et après des tests en labo me paraît bien prétentieux.
Je ne pense pas que l'équipe prenne les choses à la légère, puisqu'ils mettent en garde sur le risque de faire ressurgir d'anciens pathogènes lors de l'installation d'infrastructures dans ce type de zones, très convoitées.


Salut, 

C'est précisément ce que je trouve gênant : s'agissant d'un risque viral, lié à un virus que l'on ne connaît pas ou très peu, le tout situé sur des zones convoitées par des entreprises dont on peut légitimement penser que la santé publique n'est pas leur cheval de bataille ni même le dernier de leurs soucis, je serais beaucoup plus prudent à leur place. 
Dès lors que le risque viral est déclaré nul pour l'homme et l'animal par une équipe de scientifique, le tout relayé par la presse grand public (France24, le Monde, l'Express...), c'est un peu la porte ouverte à toutes les fenêtres. Qui pourra reprocher à une multinationale du pétrole d'avoir déclenché une épidémie humaine, une épiphytie ou une épizootie si elle l'a fait à l'abri de conclusions scientifiques ? 


Je suis bien conscient d'être là dans un scénario de science-fiction, certes, mais on nous emm...de tellement avec le principe de précaution que j'ai du mal à saisir comment des scientifiques peuvent parvenir aussi facilement, rapidement et définitivement à des conclusions qui auront des implications aussi importantes, tant pour la santé humaine que pour la préservation de ces zones. Mais ça doit venir du fait que je suis plus un littéraire... Laughing 

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par deepdragon le Lun 10 Mar 2014 - 9:06

Je sais bien que ce virus n'est censé ne touché que les amibes et pas les autres espèces.
Mais qu'en sera-t-il si une amibe infecté se fait absorbé par un autre animal ?

Est ce que ça sera une simple amibiase ? ou alors le virus va gentillement venir infecter son nouvel hote ? (un peu oomme la douve du foie qui passe d'abord par des escargots puis des fourmies avant de venir coloniser les moutons ou l'être humain.)

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par tarsonis le Lun 10 Mar 2014 - 11:46

Salut !
Si un virus est restreint à une espèce, il ne la franchira pas sans mutation.

Il faut voir dans ces mécanismes un processus assez commun, tandis que la presse, peu à l'aise avec les sujets scientifiques, transforme l'ensemble en thriller à la X-Files.

Par exemple, les phages sont des virus qui infectent couramment les bactéries, parfois en détruisant (recherches en phagothérapie), parfois de manière symbiotique. Par exemple, une partie de la pathogénicité de la Yersinia pestis, causant la peste, est causée par un phage. Il en est de même pour le Vibrion cholérique, infecté par le virus CTX; la bactérie perd quasiment toute sa virulence sans.

Pour infecter un hôte, le virus doit reconnaître certains récepteurs spécifiques de surface, puis utiliser toute une stratégie pour détourner la machinerie génétique à son profit. Si un hôte n'a pas les marqueurs (cf les hémagglutinines à la surface des virus de la grippe) ou que le virus n'est pas capable de s'y répliquer (ex : le virus de la mosaïque du tabac, inhalé chaque jour par des millions de personnes), on peut avancer plusieurs catégories sur les hôtes potentiels. clind'oeil

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par Barnabé le Lun 10 Mar 2014 - 19:30

Il y a deux raisonnements qui me semblent devoir être pris en compte :

1) un virus fortement contagieux chez l'homme a un bon "succès reproducteur". Donc, il ne disparaît pas spontanément, au contraire, il se propage largement dans la population. S'il y avait un tel virus à l'époque où le permafrost s'est formé, alors ce virus est aussi toujours actif et pathogène à la surface de la terre...
Je vois deux seules exceptions à ce premier raisonnement :
- le cas de virus éradiqués mondialement (y en a-t-il d'autres que la variole ?).
- Il pourrait y avoir, par le dégel du permafrost le retour d'une version ancienne d'un virus, différente de la version moderne répandue actuellement. Souvent, les versions anciennes sont plus mortelles (car un virus qui tue son hôte rapidement a un moins bon succès reproducteur, donc la sélection naturelle va privilégier les versions moins mortelles ; c'est ce qu'on a observé sur la myxomatose en Australie par exemple). Puisqu'un virus "trop mortel" se reproduit mal, il y a peu de chances que ce virus "ancien" gagne du terrain sur sa contrepartie moderne.

2) Si un virus provoque une maladie chez l'homme, il est très très probablement déjà connu. La médecine et la biologie se sont acharnées à découvrir prioritairement ce qui nous causait souffrances et maladies. Le risque qu'il existe un virus fortement pathogène pour l'homme, mais pas encore connu, me semble très faible. Si les virus géants ont été découverts si tardivement, c'est probablement, notamment, parce qu'ils sont inoffensifs pour l'homme.

Quand on ajoute 1) + 2), on voit qu'un virus ancien et dangereux pour l'homme devrait encore exister (et non pas avoir disparu), et que de plus, il a très probablement déjà été étudié et identifié. On parle de probabilités. Le risque qu'un virus inconnu et dangereux pour l'homme ressorte du permafrost n'est pas nul, mais il me semble infinitésimal.

Les chercheurs qui disent qu'il y a un risque ont raison, dans l'absolu. Ill y a un risque non nul. En disant cela, ils respectent la vérité scientifique. Ils omettent d'ajouter : non nul, mais infinitésimal. il ne faut pas oublier qu'en soulignant envers les médias grand public qu'il pourrait y avoir un risque pour la santé humaine... ils essaient peut-être de faciliter le financement de leurs prochains travaux....


Ensuite :
Est ce que ça sera une simple amibiase ? ou alors le virus va gentillement venir infecter son nouvel hote ? (un peu oomme la douve du foie qui passe d'abord par des escargots puis des fourmies avant de venir coloniser les moutons ou l'être humain.)

Pour compléter la réponse de tarsonis, j'ajouterais : entre virus et douve du foie, ça n'a juste rien à voir.

La douve du foie est un ver parasite, donc un animal. Les virus ne sont pas des animaux. Les virus n'ont pas des cycles de vie passant par plusieurs porteurs.

Les virus ne sont même pas "vivants" au sens que l'on attribue communément à ce terme. Ce sont des bouts d'ADN ou d'ARN, avec ou sans enveloppe, qui ont juste la capacité remarquable à se faire accepter d'un hôte (soit un seul en particulier, soit quelques hôtes biologiquement similaires) pour s'y répliquer. ils sont comme une clé, inutile et amorphe tant qu'elle n'a pas trouvé sa serrure, et elle ne va que sur une serrure, ou en tout cas un type de serrures ; elle a la particularité que quand la clé trouve sa serrure, la serrure se met à fabriquer d'autres clés identiques !
On peut aussi dire qu'il est vivant parce qu'il se reproduit ; mais je voulais bien souligner qu'il ne fait rien de ce que qu'on attribue habituellement au vivant : il ne se nourrit pas, il ne se déplace pas, il n'a aucune action propre. C'est juste un bout de code génétique qui se fait photocopier de temps en temps.

De même, un virus mort n'est pas "mort" puisqu'il n'était pas vraiment vivant avant. On dit qu'il est "mort" quand il est trop endommagé pour se reproduire. Imaginez la même clé qui a passé 15 jours sur la chaussée d'une route très passante et a donc été écrasée par les pneus des voitures et des camions. C'est une clé si abîmée qu'elle ne peut plus ouvrir de serrure. C'est ça un virus "mort". Or, les virus sont souvent endommagés très rapidement dès qu'ils se retrouvent exposés aux éléments.

Au final, un virus géant qui pénétrerait dans le corps humain à l'intérieur d'une amibe n'y ferait sans doute rien du tout. Au pire du pire, s'il faut vraiment imaginer quelque chose, ça pourrait peut-être attaquer une variété de bactéries de la flore microbienne intestinale ? On risquerait quelques ennuis gastriques ?

Au total, le risque que ces virus géants soient dangereux pour l'homme me semble vraiment infinitésimal.

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Re: Découverte d'un "nouveau vieux" virus : Pithovirus

Message par deepdragon le Lun 10 Mar 2014 - 20:02

Ok merci pour les réponses rapide et bien compréhensible.

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